Molto probabilmente Panarea, gli isolotti e gli scogli sono i resti di un antico vulcano sottomarino, parzialmente sommerso alla fine dell'ultimo periodo glaciale. Del vulcano originario rimane solo la parte orientale perché quella occidentale ha subito diversi sprofondamenti. La sua natura vulcanica oggi si manifesta con fenomeni post-vulcanici quali le fumarole della Calcara e alcune sorgenti termali.

Vicino S. Pietro, dietro Punta Peppe e Maria, c’è una benefica sorgente termale di acqua calda (50°), che viene utilizzata dagli isolani a scopo terapeutico per la cura delle forme reumatiche.
Quanto alle fumarole, altre sono evidenti fra l’isolotto di Bottaro e Lisca Bianca, fenomeno che gli isolani chiamano caldaia: dal fondo del mare salgono innumerevoli bollicine argentate come fili di perle.